没有明白你的意思。
大概猜测了下，计算的时候是原子都在晶格内的，但是如果你是非规则性晶体，可能某些原子会显示在晶格外，比如坐标0.9的原子可能显示在坐标-0.1的位置，这样的话在计算的时候是没有关系的。
不知道是不是跟你遇到的情况一样。
至于准确原子坐标，MS中鼠标选中原子左下角窗口就有坐标（包括相对坐标和绝对坐标）

(⊙o⊙)…

引用回帖:

4楼: Originally posted by 范小现 at 2017-05-14 19:26:37
我想问问为什么在模型优化的时候会有原子跑到晶胞外面，而原始模型里的原子都是在晶胞里的。谢谢了。
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那就是我说的，只是显示问题。没关系。用vesta打开你的优化后结构，可以有多重显示方式。【在edit-bond里面】

用findlt软件搜索无机晶体的各个参数再构建

引用回帖:

4楼: Originally posted by 范小现 at 2017-05-14 19:26:37
我想问问为什么在模型优化的时候会有原子跑到晶胞外面，而原始模型里的原子都是在晶胞里的。谢谢了。
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也有可能是显示的问题吧，你把晶胞沿着跑出去的原子那个方向扩展一下，会发现那个原子实际上是在另外一个晶胞里面的。然后你可以对照晶胞的相关参数，对跑到外面的原子空间点位进行修改，基本就能让原子到晶胞的里面去了，不过是在另外一个完全相反的方向。
另外，一般原始建立的晶胞模型，都不算是最稳定的结构，优化之后的原子空间点位都会有变化的
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