列位大神，我是分子动力学模拟小白。最近想用LAMMPS模拟纳米压痕过程，把LAMMPS自带的in.indent文件修改了一下到三维情况，以下是我的输入文件：
# 2d indenter simulation

dimension  3
boundary          p s p

atom_style        atomic
neighbor        5.6 bin
neigh_modify        delay 5

# create geometry

lattice                fcc 1

#定义一个region，名为box，类型为block,后面的边界坐标
region                box block 0 5 0 5 -2.5 2.5

#在region之上创建一个模拟盒子，2为模拟中用到的分子种类，
#box为上面定义的region的名字
create_box        2 box

create_atoms        1 box

mass                1 1.0
mass                2 1.0

# LJ potentials

pair_style        lj/cut 2.5
pair_coeff        * * 1.0 1.0 2.5

# define groups

region                1 block INF INF INF 0.5 INF INF
group                lower region 1
group                mobile subtract all lower
set                group lower type 2

# initial velocities

compute                  new mobile temp
velocity        mobile create 0.2 482748 temp new
fix                1 all nve
fix                2 lower setforce 0.0 0.0 0.0
fix                3 all temp/rescale 100 0.1 0.1 0.01 1.0

# run with indenter

timestep        0.003
variable        k equal 1000.0/xlat
variable        y equal "-13.0*ylat + step*dt*0.02*ylat"

fix                4 all indent $k sphere 2.5 v_y 0 0.5

thermo                1000
thermo_modify        temp new

dump                1 all atom 250 dump.indent

dump                2 all image 1000 image.*.jpg type type &
                zoom 1.6 adiam 1.5
dump_modify        2 pad 5

dump                3 all movie 1000 movie.mpg type type &
                zoom 1.6 adiam 1.5
dump_modify        3 pad 5

run                30000

# run without indenter

unfix           4
run                30000
可以运行，但是结果不正确。计算一开始完全看不出有压下过程，然后原子的顺序就突然变乱了。。。如下图：
求教！！！


10000.jpg



30000.jpg



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