计算子扩散系数时,分子只在固定圆环内振动
参考@pigrass的http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890&fpage=1&target=blank,尝试进行了NO在MOR中子扩散系数的模拟
不同之处是forcefield选择的是universal,全硅状态下正常
但是当分子筛内引入了其他金属原子(AL,CU等)后,MD的结果就显示气体分子只在原先location的圆环区域内振动,跑不出那个原本区域,请问这有什么方法可以解决吗?
MD运行时初始速度的设定只有random和current,能不能自己设置一个初始速度呢?
请问@pigrass,可否解答一下? 返回小木虫查看更多
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1、跑不出原本区域
不太清楚为什么一定要跑出原本的区域
可能是新加的原子的作用,另外看看参数、力场是不是合适
2、初始速度只有random和current两种,默认random
The temperature and the distribution of atomic velocities in a system are related through the Maxwell-Boltzmann equation——摘自help
分子筛的结构里有很多种元环,location在六元环内,MD模拟的结构就只是在这个六元环内,如果分子在MD的过程中没有途径整个分子筛,算出来的扩散系数就不对吧
我都跑了4000ps了,MSD曲线的纵坐标才不超过10,有的还零点几,而且MSD曲线还是小波浪线
分子在MD的过程中没有途径整个分子筛,算出来的扩散系数就不对
——没听过这个说法
4000ps时间感觉有点长,不知道是不是你的结构比较特殊所以要这么长
我看到的一般分子筛是时长在200ps,取当中接近直线的一段求扩散系数
是这样的,之前看到过关于扩散机理的一个说法 说的是氧气在pp内不断运动,大部分情况下运动振幅较小,视为振动,偶尔出现一次大的跃迁,氧分子会跳到另外一个区域继续进行小幅度的振动
所以我理解的是,没有跳出原本location的区域,是因为它没有一个更大的速度或者是通道使其进行跃迁,从而进入分子筛的其他区域,因而我觉得这样算出来的扩散系数过于片面
此外,还想请教一下,对于不同的MSD曲线,截取当中接近直线的一段求扩散系数,不考虑所截取直线横坐标时间段长度的差异,所求出来的扩散系数,是否具有对比性
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