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求助大神,分子基础薄弱 引物设计扩不出来!

作者 艾喵喵
来源: 小木虫 5000 100 举报帖子
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我的目的基因序列TTGGACAACGCCTTCCCCTTCGGGACATGCATCAACACGTCCGTCATCCAGAAGCCGGCCTTCCTCGACTTCTTCACCAACCACTTCGACTGGGCCGTCTTCGAGAACGAGCTCAAGTGGTACCACACGGAGGTGCAGCAGGGCCAGCTCAACTACGCCGACGCCGACGCGCTGCTCGCGTTCTGCGACCGCCTGGGCAAGACCGTCCGCGGCCACTGCGTCTTCTGGTCCGTGGACGGCGACGTGCAGCAGTGGGTCAAGAACCTCAACAAGGACCAGCTCAGGTCCGCCATGCAGAGCCGCCTCGAGGGCCTCGTCTCCCGCTACGCCGGCAGGTTCAAGCACTACGACGTCAACAACGAGATGCTGCACGGCCGCTTCTTCCGGGACCGCCTCGGCGACGAGGACGTCCCGGCGTACATGTTCAAGGAGGTGGCGCGGCTGGACCCGGAGCCCGTGCTCTTCGTCAACGACTACAACGTGGAGTGCGGCAACGACCCCAACGCGACGCCGGAGAAGTACGCCGAGCAGGTCGCATGGCTGCAGAGCTGCGGCGCGGTGGTGCGCGGCATCGGGCTGCAGGGCCACGTGCAAAACCCGGTCGGGGAGGTCATCTGCGCCGCGCTCGACAGGCTCGCCAAGACGGGGGTGCCCATCTGGTTCACCGAGCTCGACGTGCCGGAGTACGACGTGGGCCTCCGCGCCAAGGACCTGGAGGTGGTGCTCCGGGAGGCGTACGCGCACCCGGCCGTGGAGGGCATCGTGTTCTGGGGCTTCATGCAGGGCACAATGTGGCGCCAGAACGCTTGGCTCGTCGACGCCGATGGCACCGTCAACGAGGCGGGCCAGATGTTCCTGAATCTGCAGAAGGAGTGGAAG

设计的引物  F:5'  AGACCG  GAATTC  CGGACC   TTGGACAACGCCTTC  3' 酶切位点 EcoRI  GC含量57.6%  TM值70.1

                   R:5'  ATT  GCGGCCGC  TTA  TCA  CTTCCACTCCTTCTGC  3'  酶切位点 NotI    GC含量54.5%   TM值68.7


前后引物均加酶切位点和保护碱基 尝试过退火温度58-64均没有P出来目的条带还尝试过55度也没有p出来  不知道是什么原因

求各位大神指点,小妹不胜感激! 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 莫等闲111

    设计的引物  F:5'  AGACCG  GAATTC  CGGACC   TTGGACAACGCCTTC  3' 酶切位点 EcoRI  GC含量57.6%  TM值70.1

                       R:5'  ATT  GCGGCCGC  TTA  TCA  CTTCCACTCCTTCTGC  3'  酶切位点 NotI    GC含量54.5%   TM值68.7
    你的引物设计的有问题  比如说R:5端 加酶切位点前后都加了保护碱基 ,而且你的保护碱基貌似也不对,有相应的表的,http://wenku.baidu.com/link?url= ... wp-DAwczvXc81arqjsy
    我感觉可以设计成这样R:5- AAGGAAAAAAGCGGCCGC  CTTCCACTCCTTCTGC 3-;同理F也一样。
    另外注意               (1)酶及其浓度;
                               (2)模板(靶基因)核酸 模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一;,

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