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本地blast数据库格式化的问题

作者 yippee_jiang: 来源: 小木虫 250 5 举报帖子

为什么数据库格式化时，命令输入后，显示blast options error: file gut does not exist

命令（makeblastdb -in gut -dbtype nucl -title "gut" -out GUT）和结果如下图所示

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精华评论

日光海

我是这样的命令行makeblastdb.exe -in JRIO01.fsa_nt -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl，你可以参考对比下差异
yippee_jiang

引用回帖:
2楼: Originally posted by 日光海 at 2017-02-09 08:14:52
我是这样的命令行makeblastdb.exe -in JRIO01.fsa_nt -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl，你可以参考对比下差异

谢谢，输出结果文件是out格式，怎么看啊？用TXT打开是一堆代码，不知道该怎么解读。请您指教~再次感谢！
日光海

引用回帖:
3楼: Originally posted by yippee_jiang at 2017-02-09 09:21:39
谢谢，输出结果文件是out格式，怎么看啊？用TXT打开是一堆代码，不知道该怎么解读。请您指教~再次感谢！...

本地格式化数据库是不需要“-out”命令的，至少目前为止我看到的本地blast攻略里面没有，我是参考这个链接的，你可以参考下http://blog.163.com/yinjianrui19 ... 919720113634752102/
，
王柏杨

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2楼: Originally posted by 日光海 at 2017-02-09 08:14:52
我是这样的命令行makeblastdb.exe -in JRIO01.fsa_nt -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl，你可以参考对比下差异

不能识别我的文件格式是为啥啊？明明就是FASTA格式啊
日光海

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5楼: Originally posted by 王柏杨 at 2018-08-25 18:17:26
不能识别我的文件格式是为啥啊？明明就是FASTA格式啊...

不仅文件后缀名要为“.fasta" 而且，文件内的内容必须为如下格式。
>primer-name
AGCTAGTGTGTGCACA

要不你就直接去NCBI里面下载fasta格式的序列