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生工测序的问题

作者 柚子爱柠檬水
来源: 小木虫 250 5 举报帖子
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各位好,我是生物菜鸟,前几天用CMD5单向引物得到了未纯化的pcr,送去生工测序,想问一下测序结果包括引物么?怎样去blast比对?

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  • 精华评论
  • hch123

    测序结果一般是不会包括引物的,现在一代测序的基本原理就是Sanger测序——双脱氧末端终止法的原理,你的引物是一段连续的序列就没有终止一说了,所以是不会存在的。

  • hch123

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by hch123 at 2017-01-16 09:47:05
    测序结果一般是不会包括引物的,现在一代测序的基本原理就是Sanger测序——双脱氧末端终止法的原理,你的引物是一段连续的序列就没有终止一说了,所以是不会存在的。

    至于怎么分析,你可以看看我以前的一个帖子,也是说这个的。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10968470&authorid=1718048

  • jurkat.1640

    测序从引物末端开始,但是开始的50 bp不准确,之后的800 bp的结果才可取

  • 柚子爱柠檬水

    非常感谢

  • drwhoknowss

    不纯化,会有之前pcr的引物污染。可能测不出来,看运气

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