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求助!!!从蛋白质库下载的1qsu.pdb,用pdb2gmx出现错误,如何删除pdb中的HYP

作者 ghbzw520
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求助!!!从蛋白质库下载的1qsu.pdb,用pdb2gmx出现错误,如何删除pdb中的HYP

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  • 精华评论
  • fangsteel

    不能删除的吧,删除这个残基的话蛋白就变了额,如果真要删,可以先把这个转换成gro,然后删除就好了

  • fangsteel

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by ghbzw520 at 2017-01-09 22:41:15
    恩嗯,好像也不能删除,那该怎么办呢,是不是gromacs力场文件里可以找其他的残基替换掉HYP...

    不行,这个蛋白该是什么就是什么,还有一个方法是你可以去一些网站生成top文件,http://blog.sciencenet.cn/blog-44565-1019583.html

  • hdx1991

    hyp是把一个残基磷酸化了,你百度一下,是哪个氨基酸磷酸化的,然后随便找个软件突变回去,或者找个磷酸化力场

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