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materials studio的DPD模块怎么使一个粗粒具有正电性质?

在学习materials studio的时候遇到一些问题,在这里请教各位虫友大神,主要针对MS的DPD模块,研究的是利用模拟高分子与疏水性药物的自组装。
1. 怎么构建-NH3+离子呢。是一开始就赋予电荷,还是将其变成bead珠子后再赋予电荷?怎么赋予电荷呢?
2. build bead 的时候,珠子的mass需要重新填写吗,还是默认值?
初学软件,希望大家多多交流。QQ:912560537

用户评论

MS中的dpd是不能算静电相互作用的。
要么通过改变保守力相互作用参数,定性描述不同bead间相互作用。
要么就自己写代码计算静电相互作用。
可以参考我以前的工作:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021999112005542
https://arxiv.org/abs/1303.4523

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2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2017-01-06 05:38:43
MS中的dpd是不能算静电相互作用的。
要么通过改变保守力相互作用参数,定性描述不同bead间相互作用。
要么就自己写代码计算静电相互作用。
可以参考我以前的工作:
http://www.sciencedirect.com/science/art ...
前辈您好,看了您之前的工作,佩服至极。
本人是研究方向是药物递送-生物化学方向,选用MS软件,是想对实验结果有一个理论上的证明,但是深部探索MS软件和一些物理量对我来说确实有点困难。
我想用DPD模块构建一个高分子材料包裹药物的自组装体系,但是高分子材料模拟出来的结果过于疏水,与实际不符(见附件1)。分析了原因,是高分子上有一个基团在人正常生理条件下应该是质子化的(见附件2),呈现正电荷,从而使高分子亲水性可以增加。
我将这个基团用edit charge赋予了电荷+1,结果用溶解度参数法算出来的溶解度参数特别大,比水高了2倍,感觉也不是很理想。
前辈给的意见里,通过改变保守力相互作用参数,定性描述不同bead间相互作用,我觉得应该是我目前操作性比较强的,但是具体通过MS怎么优化才能算出来的相互作用参数比较靠谱呢。
在《耗散动力学模拟研究树枝状聚合物和嵌段共聚物体系的自组装行为》http://www.cnki.net/KCMS/detail/detail.aspx?QueryID=3&CurRec=1&filename=1014064573.nh&dbname=CMFD201501&dbcode=CMFD&pr=&urlid=&yx=&uid=WEEvREcwSlJHSldRa1Fhb09jMjQwK09RWGYrdlBFVDBxdThzM1JnSEc1ND0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw!!&v=MjE2Mjg3RGgxVDNxVHJXTTFGckNVUkwyZlp1WnBGeW5oVXIvSVZGMjZHck8rR3RUTHJKRWJQSVI4ZVgxTHV4WVM=这篇文章中,作者提到用blends模块可以更为准确的计算。
如果真的只能通过代码来计算,请问前辈可以推荐一下软件和参考文献吗,特别感谢!

附件1:高分子-药物 (绿色为高分子,红色为药物),高分子过于疏水

附件2:可以质子化的基团

4楼: Originally posted by zwr19931110 at 2017-01-06 10:55:43
前辈您好,看了您之前的工作,佩服至极。
本人是研究方向是药物递送-生物化学方向,选用MS软件,是想对实验结果有一个理论上的证明,但是深部探索MS软件和一些物理量对我来说确实有点困难。
我想用DPD模块构建 ...
看不到你的粗粒化方案。
其实带电粒子之间的相互作用设成溶剂之间的相互作用,这样带电粒子和溶剂粒子没有差别。
因为粒子带电后可以很好溶解到溶剂中,可以认为两者没有差别,这样可以定性描述(相当于隐性包含静电作用)。
另外疏水基团与溶剂见的相互作用可以稍稍增大,这样很容易得到你给的形貌图。dpd本身是很粗的方法,只能定性描述,定量描述很困难。

5楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2017-01-06 13:18:50
看不到你的粗粒化方案。
其实带电粒子之间的相互作用设成溶剂之间的相互作用,这样带电粒子和溶剂粒子没有差别。
因为粒子带电后可以很好溶解到溶剂中,可以认为两者没有差别,这样可以定性描述(相当于隐性包 ...
前辈说的在理。如果自己改动一下参数,确实很容易得到我想到的粗粒化模型。但是相互作用参数可以自己改动吗?我还是比较偏向能找到正确的方法算出来。
并且可以请教前辈,DPD数据怎么导出分析结果,比如密度径向分布的数据。万分感谢!

自己顶,问题还没解决呢~


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