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不动杆菌属基因组提取问题

手里有一种菌,CTAB法提基因组,怎么都提不出来,在加了TE缓冲液和蛋白酶K37℃水浴后,延长时间也没用,不会变澄清。。。继续往下做,测浓度很低,16s都跑不出来。。。。甚至用试剂盒提也没用。。请问诸位虫友,还有什么改进办法吗?

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用户评论

主要是破壁没搞好,试试溶菌酶或者物理方法破壁,后面就正常流程提取即可。
物理破壁一般提取效果比较好。
你提取的是基因组DNA,直接跑胶是看不到16S条带的
PCR扩增16S序列后跑胶才看到16S

2楼: Originally posted by 二十一业 at 2017-01-04 14:15:53
主要是破壁没搞好,试试溶菌酶或者物理方法破壁,后面就正常流程提取即可。
物理破壁一般提取效果比较好。
你提取的是基因组DNA,直接跑胶是看不到16S条带的
PCR扩增16S序列后跑胶才看到16S
我没说清楚,肯定是设计了16s引物做得PCR啊……谢谢你的意见,我会再尝试。

3楼: Originally posted by 山荆子 at 2017-01-04 18:58:41
我没说清楚,肯定是设计了16s引物做得PCR啊……谢谢你的意见,我会再尝试。
...
只是扩增16S的话,是不是菌P也可以啊,试试?
不动杆菌的物种鉴定,用16S很难判断的,先试一下16S比对到什么,然后可能提取的基因组再测个草图鉴定

我的最终目的是要扩增这个菌里的一个耐药基因,16s是阳性对照,结果无论是基因还是16s都P不出来。。。

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