水合物氢键分析求助
我用lammps模拟水合物分解，在输出的轨迹文件中分析氢键。
1.考虑用VMD的Hbonds analysis,
根据VMD的user guide, Donor-Acceptor distance和Angle cutoff已经设置的很大了，还是显示不出氢键。如下图。
另外，如果在Drawing methods中用Hbonds格式，也是显示不出氢键。手册上只说调整上述两个参数。
2.考虑编程
我有一些Fortran和C++的基础，也知道后处理用编程会更人性化，更加愿意学习。
但现在没有用编程处理过，请各位前辈指导一二。
hydrogen bonds页面设置.png
显示不出氢键.png
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京公网安备 11010802022153号
问题已解决，用dump的xyz格式的文件可以显示氢键，也可以用于氢键分析。
楼主 你好 请问可以详细说一下吗 拜托
额，说的很清楚了，用xyz格式的dump文件，导入VMD进行氢键分析
老师您好，请问用其它软件得到的xyz格式轨迹文件，可以用VMD分析么？Selection 1应该填什么？
我也是用的lammps的xyz文件，在导入VMD后不显示氢键，请问你的VMD是怎么设置的？
你好！请问你现在知道在vmd上这怎么分析氢键了吗？我在vmd上也没有办法显示~
我看了vmd的help文件，感觉上面对于角度的定义有问题呀，不应该是角度大于某值吗？
不知道能不能编程解决呀
，
楼主 能分享一下您的方法码