使得你的bootstrap value大于50%的方法首先是将你下载的标准菌株序列与你的测序序列使用DNAMAN软件进行多重比对然后将标准菌株序列多余的部分去除。这一步关键是看你的序列长度是多少。比如细菌一般都是1500，如果你只测序一个反应也就是只有750左右，而genbank中序列是1500bp那么这个会影响你的bootsrtap值（也叫自展值）。系统发育树上分类没有定式，关键是看你是什么类群比如细菌一般就是那些常见的大类群如变形菌门（5个亚纲）这些亚纲还往往不在一个大分枝中，再就是放线菌门，拟杆菌门，厚壁菌门等等这些分类有一些技巧如果需要你可以参考这个帖子“关于16S rRNA基因克隆文库分析环境中微生物多样性 ”http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3590809。里面有各种例子如序列比对，构建进化树，序列提交，进化树中类群的分类等等你照着做就可以了。祝你好运，

还有下载的序列与我的序列相似度必须大于97%吗？

一般我们选择的标准序列都在97%以上，如果想要你的序列的自展值较高，可以将一些不必要的分支删除掉，比如你选择了三个大于97%的标准菌株序列结果你的序列和其中一个聚为一支而其他两株各自聚为一支那么就可以将其中最远的哪支子上的序列去掉这样自展值就会高，或者将两株都去掉自展值就高了。一般在最外的分支（也就是树的根部）自展值都很低基本低于50%，这个很正常不必介怀，国际上文章都是这样子的。