这方面的文献挺多的，上海交大赵立平貌似就用过基因组学的方法研究过突然微生物菌群结构，你在google学术里搜一下，肯定好多！

http://www.feilinet.cn/download/paper_BJ_0021.pdf  看看这个有没有用，DGGE也是基于基因组学的

http://scholar.google.com/schola ... 0&btnG=&lr=   这是我在谷歌学术里搜土壤微生物基因组学分析的结构，你看看有没有有用的

呵呵，其实学校图书馆的数据库中挺多的，要不就百度或google学术搜索

“叶面喷施硒肥对低硒土壤中大豆不同蛋白组成及其硒分布的影响”
“Soil metaproteomics - Comparative evaluation of protein extraction protocols”
这是我在网上搜到的两篇文献
你直接搜题目应该可以搜到
希望对你有帮助！