固氮基因很多，不知道你p哪一个？
你什么菌，菌落pcr怎么p不出来，是不是菌体裂解不好，DNA没释放出来，或者你PCR操作的问题
固氮酶活性测定用乙炔还原法，使用气相色谱测定，文献很多，自己查查吧
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中国农业大学陈文新院士就是做根瘤菌的权威，下面隋新华教授，陈文军教授都是做这方面的，可以联系他们。