首先，我认为是菌种不纯，我建议把不同的菌落形态的菌单菌落平板划线纯化多次，菌落形态一致后再分别测16S验证。
其次，单单通过生理生化指标来鉴定菌种是远远不足的。
最后，目前最可靠的菌种鉴定方法是16S序列比对，序列相似性低于97%，说明是新细菌。高于97%，就要做DNA杂交，杂交率低于70%也说明是新菌株，高于70%则是同一株菌的不同菌株，

同意楼上的观点，根据楼主的说明的情况，肯定是菌种不纯，先分纯一下

问题：菌种不纯，在做16S的时候怎么会得到好的测序结果呢？