这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?

难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。

Config文件如何生成，手册上讲得非常之详细，你自己试着下手弄一下，哪里不懂可以提问，这样好一些，也学得比较快。关键是要动手啊。

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 09:45:24:
难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。 ...

呵呵,你说的不错....我就是想运行一下软件中的例子,因为从来没有用过dl_poly, 想知道什么命令能让软件运行起来..我不清楚我这个请求是不是很麻烦,谢谢...
我以为是我体系的技术问题呢...
具体问题我想问一下,大家的config文件都是怎么生成的....看了其他帖子,有的说自己编程,有的说用ms生成xyz坐标...
另外,有帖子说 config要求盒子的中心是坐标的原点,可是我在manual上没有看到,这个是必须的吗?
还有就是在config文件中的开头:
Lennard-Jones Argon
             2               3            255            -176595.066855
这行中  -176595.066855,手册说  engcfg    real  configuration energy in DL_poly units 我想知道这个 configuration energy 一般都是怎么得到的,单位是j/mol把?因为可能要自己写config文件,所以想知道清楚些,谢谢
，

1. 自己编程，按它的格式生成。
2. 中心应该是坐标原点。也就是原子位于[-a/2,a/2]之内。如果不再此范围，也许程序会自己变成这个样，我没有试过。建议你还是一开始就弄好。
3. engcfg不是必须的。可以不写。

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 11:30:31:
1. 自己编程，按它的格式生成。
2. 中心应该是坐标原点。也就是原子位于[-a/2,a/2]之内。如果不再此范围，也许程序会自己变成这个样，我没有试过。建议你还是一开始就弄好。
3. engcfg不是必须的。可以不写。

非常感谢你的回复,我这里又有几个问题请教
1.对于体系的config 文件的生成,我打算这样来做:
   用ms来建立我的体系的初试结构.然后导出一个xyz坐标的文件, 既然dl_poly要求盒子的中心是体系的原点,而ms中原点在盒子的一个顶点0上,我如果把ms导出的xyz坐标，都减去盒子长度的一半就是体系的原点就在盒子的中心了，不知道这样行吗？
2. 因为建立体系，在进行动力学模拟以前，要对体系进行relaxation。可是我不知道应该怎么样写进行optimising的control 文件，能不能给我传一个进行optimising的control模板。如果有的话，能不能顺便再给我传一个进行MD模拟的control文件。谢谢。
3. 在control文件中的 jobtime 应该怎么设定，有没有什么经验来确定一下。

1.可行。
2.DLPOLY提供的有一些例子，请自行下载。relaxation的方法很多，你要先确定自己想怎么搞，然后考虑怎样把它写成Control文件。DLPOLY的Control文件提供的命令也就那么几条，反复阅读一下自然会懂。
3.jobtime跟你的模拟体系的大小、模拟时间的长程以及CPU的快慢有关。尽量搞大一些就是了。你做过几次，有经验了，就可以自己定。这个参数什么也不影响，可以尽量搞大一些。