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diamond中同一原子重叠出现三次,怎样改成只出现一次

diamond中同一原子重叠出现三次,怎样改成只出现一次
新手请教

用户评论

咋这图片贴不上来呢

我也遇到过,同问,帮顶

同一原子重叠出现?貌似还没遇到过,确定是同一原子吗还是晶胞里原子的堆积?
重叠出现我只在shelxtl画的堆积图标注的时候遇到过。。

最简单的方法是用右键选中原子,然后cut就可以了。

六楼的兄弟/姐妹方法是可以,但这是由于什么引起的呢?我们可以治本的哦
本来那个位置应该只有一个原子,现在却出现三个呈三角对称,同时与另外一个原子相连。是哪个参数没设置好?
望高手继续指点
谢谢

原子位置没有设置好,LZ方便的话可以把原子位置参数贴上来。

Phase data
  
Space-group P 63/m m c (194) - hexagonal
Cell a=3.7780 Å c=8.8140 Å
c/a=2.3330
V=108.95 Å3 Z=2
  
Atomic parameters
  
Atom Ox. Wyck. Site S.O.F. x/a y/b z/c U  
Y1 3 2a -3m.   0 0 0   
B1 3 6h mm2 0.3333 0.23000 0.46000 1/4   
O1 -2 6h mm2 0.3333 0.02400 0.04800 1/4   
O2 -2 4f 3m.   1/3 2/3 0.11700

楼主说的应该是下图中红圈的3个B原子,B的占位为1/3,所以3个位置中只能占据一个B,楼主把另外两个去掉就行了,可以看文献上是怎么画的。另外,O(1)实际上也是3个O在一起,但O(1)占位也是1/3,把另外两个去掉就行了。
如果从键长上看,B原子位置存在问题,B和O(1)之间距离比O离子半径还小。

我觉得可能在结构精修的时候原子种类定错了。看看cif文件里键长键角是不是合理

六方结构本来就是这样的,不过B1的温度因子太大,元素种类肯定是错了。
O1的另外二个不能去掉,因为要与O2构成正六面体的。

谢谢楼上的三位兄弟

在画Y的多面体图时,很明显O1三个叠加在一起了。
我对晶体解析不熟悉,所以难以理解怎料正确调整。再次感谢各位的参与。