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【求助】gaussian ONIOM 求助

作者 hjsjs
来源: 小木虫 250 5 举报帖子
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Hi everyone,

I am trying to run an ONIOM calculation with B3LYP/6-31+G(d,p) as a high layer
and Amber as my low layer.  The error at the end of the file says I am missing
atomic parameters (see below for the last part of the calc file).  What are
these atomic parameters and where would I obtain them to get my calculation to
work?

Thanking You in Advance,
Sarah Whittleton
Mount Allison University

Th calcaultion dies almost immediatley and ends with:

I=  105 IAn= 15 Valence= 4.
          JB=  1 J=  106 IAn=  8 IBT= 1 Dist= 1.80D+00
          JB=  2 J=  107 IAn=  8 IBT= 2 Dist= 1.48D+00
          JB=  3 J=  171 IAn=  8 IBT= 1 Dist= 1.80D+00
          JB=  4 J=  104 IAn=  8 IBT= 2 Dist= 1.58D+00
Missing atomic parameters for atom   207 IAtTyp=    20000000
Missing atomic parameters.
Error termination via Lnk1e in /var/local/g03/l101.exe at Fri Nov  7 15:18:04
2003.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      7 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1
Scr=      1

我的问题与这个人的相同,这个人在某个论坛上发的求助贴,但是,没有人回应,我又碰到相同的问题了  哎, gjf文件是gaussview产生的,应该不会有问题吧,不知道问题出在哪里? 返回小木虫查看更多

今日热帖
  • 精华评论
  • erylingjet

    难道是分层没分好?猜的

  • yytsnake

    MM方法一般没有通用性(指元素原子),不同的MM方法是针对特定体系制定的,也许你的计算体系包含了 Amber 不支持的元素原子(比如金属),乱猜的。

  • hjsjs

    我查了不支持的原子是氢原子,就是DNA上的磷酸的-OH的氢原子,我又查了MM的原始论文,会不会是atom type有问题,比如氢原子的atom type有,H,HW,HO,HS,HA等等

  • yongleli

    Gview产生的也会有问题的。
    你好好看看你这个原子,根据AMBER手册,把它的参数手动写到.gjf文件里边去就得了。

    记住AMBER力场的参数在Gaussian里边是不全的。通常要自己加。
    增加的方法有三种,以自己给的参数优先、默认参数优先、只读gjf文件里的参数
    。方法在Gaussian手册里。

  • ferlich

    引用回帖:
    Originally posted by hjsjs at 2009-9-10 17:49:
    我查了不支持的原子是氢原子,就是DNA上的磷酸的-OH的氢原子,我又查了MM的原始论文,会不会是atom type有问题,比如氢原子的atom type有,H,HW,HO,HS,HA等等

    从amber自带的gaff.dat或parm*.dat中找找也许会有相应的原子参数

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